Fue al comienzo de estas guerras que fue fundada la Inquisición, el más terrible de los tribunales de este mundo, por influencia de Domingo, un monje español que había tenido parte destacada en la persecución contra los cristianos en el sur de Francia. Al principio su actividad era secreta, pero en el año 1229 fue reconocida públicamente su gran utilidad en la detección de los herejes, y el concilio de Toulouse la constituyó como institución permanente. Se ordenó que se establecieran inquisidores laicos en cada parroquia para detectar a los herejes, con plenos poderes para que entraran y registraran todas las casas y edificios, y para someter a los sospechosos a cualquier examen que consideraran necesario. La lectura de la Palabra de Dios fue públicamente prohibida por Roma, e incluso su posesión era considerada como un crimen capital. Este terrible tribunal fue introducido gradualmente en los Estados Italianos, en Francia, España, y en otros países, pero nunca se permitió su entrada en las Islas Británicas. No podemos aquí entrar en los detalles de la Inquisición. Es cosa harto sabida que las acciones más negras, la tiranía más arbitraria y las crueldades más inhumanas que jamás ennegrecieran los anales de la humanidad se perpetraron bajo la blasfema pretensión de que los inquisidores estaban manteniendo piadosamente los derechos de Dios en la iglesia.
Estamos ahora aproximándonos al profundamente interesante período de la Reforma, cuando no sólo el soberbio edificio de Roma iba a ser desafiado, sino también sacudido hasta sus mismos cimientos. La importancia de la Reforma y el puesto que ocupa en la historia de la iglesia hace necesario entrar en ella con más detalle que hasta ahora en esta historia.