Además, la distinción entre el clero y los laicos—largo tiempo sugerida por los principios del judaísmo— estaba surtiendo sus malos efectos en la iglesia. Los obispos y diáconos vinieron a ser una orden sagrada, y, en contra de todas las enseñanzas de las Escrituras, se les comenzó a dar un lugar preeminente. Los acontecimientos que condujeron al establecimiento de un orden sagrado dentro de la iglesia son considerados aquí, para que el lector pueda ver los comienzos de lo que ahora se ha desarrollado como un vasto sistema jerárquico. Los apóstoles establecieron ancianos—dando sin dudas su reconocimiento formal a aquellos que ya habían sido capacitados por el Espíritu de Dios; pero después que los apóstoles hubieron muerto, los supervisores [episkopoi, u obispos], que habían sido designados por los apóstoles para llevar a cabo una obra necesaria, y no meramente para tener una posición oficial, comenzaron a arrogarse para sí mismos el derecho exclusivo de enseñar y de administrar la Cena del Señor. Así, a comienzos del siglo segundo, ya existían en Asia Menor los tres cargos permanentes de obispo, presbítero y diácono. Al transcurrir el tiempo, estos hombres fueron asumiendo más y más de control y liderazgo sobre la iglesia y sus actividades, y los miembros ordinarios de la asamblea fueron reducidos a la posición de someterse a este control. Así, algo que era al principio una cosa más o menos informal y temporal se desarrolló a cargos fijos y permanentes. Entonces lo que llegó a ser la base de la autoridad fue no la capacitación continuada por el Espíritu Santo, sino la posesión de un oficio eclesiástico.
Ignacio, ya a principios del siglo segundo, combinó las dos ideas de unión con Cristo como condición necesaria para la salvación, y de la iglesia como cuerpo de Cristo, y enseñó que nadie podía ser salvo a no ser que fuera miembro de la iglesia. Estrechamente relacionados con esta idea de que la iglesia era la única arca de salvación había los sacramentos, o medios de gracia, de los que el bautismo y la Eucaristía eran los dos ejemplos destacados. En relación con estos sacramentos surgió también la teoría del sacerdotalismo clerical: esto es, que los sacramentos sólo podían ser celebrados o administrados por hombres ordenados de manera regular para este propósito. Así el clero, en distinción a los laicos, vino a constituirse en un sacerdocio oficial, y a éstos se los hizo depender enteramente del clero para conseguir la gracia sacramental sin la que, según se enseñaba, no había salvación. Aunque Ignacio había negado la validez de la Eucaristía administrada con independencia del obispo, fue Cipriano de Cartago quien, posiblemente no por designio, fue finalmente el campeón de la causa episcopal.
Una vez quedó establecida la distinción entre el clero y los laicos, vemos una multiplicación de los oficios de la iglesia y la introducción de otros que nunca fueron contemplados en la Escritura. Estas actuaciones pueden haber servido para lograr un orden externo en la iglesia—y la verdad es que la necesidad del mismo fue de manera principal la causa de estas innovaciones—pero reprimieron la libre expresión de la vida espiritual y de la fe, y negaron el principio fundamental del cristianismo: que «hay un solo Dios, y un solo mediador entre Dios y los hombres, Jesucristo hombre, el cual se dio a sí mismo en rescate por todos.»
El inevitable resultado de todo esto fue que el Espíritu Santo dejó de recibir el puesto que le correspondía de derecho en la iglesia. Los obispos cristianos estaban aceptando puestos en la corte y buscaban recibir la gloria del mundo, mientras que comenzaban a aparecer ostentosos templos para la exhibición de la religión cristiana. Cosa más grave todavía, los cristianos pronto invitaron la intervención del poder civil en los asuntos de la iglesia, y lenta pero seguramente comenzó a hacerse más evidente el fatal vínculo con el mundo.