Fue en medio de esta confusión y manifiesta decadencia que surgió el monasticismo. Antonio, natural de Egipto, tuvo el dudoso honor de ser el primer monje. Los eremitas ya habían existido antes de él, pero él fue el primero en adoptar la vida enclaustrada y en retirarse de manera absoluta del mundo. Hay pocas dudas de que era verdaderamente cristiano, y un tiempo de persecución lo sacó de su retiro para compartir los peligros de sus hermanos. El monasticismo se extendió rápidamente, y antes del final de aquel siglo todos los lugares desérticos del mundo cristiano estaban punteados por monasterios y conventos. No hay duda alguna de que de estas instituciones surgieron muchas cosas buenas. A menudo demostraron ser un verdadero refugio para los enfermos, los pobres y los viajeros. Además, en el silencio de sus celdas, los primeros monjes copiaron y preservaron así muchos de los antiguos escritos, incluyendo las mismas Sagradas Escrituras. Todas estas instituciones, tan esparcidas, estaban bajo el control de los obispos; pero los monjes eran reconocidos sólo como legos por la iglesia. A finales del siglo quinto apelaron al Papa de Roma, pidiéndole permiso para ponerse bajo su protección, petición a la que él accedió bien dispuesto, porque estaba bien familiarizado con las riquezas e influencias de ellos. Así fue que los monasterios, abadías, prioratos y conventos quedaron sujetos a la Sede de Roma.
La división del Imperio Romano resultó finalmente en la división de la iglesia, que quedó prácticamente completa hacia finales del siglo sexto, pero que fue consumada de manera oficial y definitiva sólo en el 1054. Las mitades oriental y occidental, la iglesia Católica Griega y la Católica Romana, emprendieron así cada una su camino por separado.