Otra de las actividades de Inocencio fue emprender una violenta persecución contra las prédicas de Pedro de Bruys y de Pedro Waldo. Éstas habían dado un fruto maravilloso, hasta el punto de que se podían hallar seguidores de ellos en casi cada país de Europa. La persecución, conducida principalmente por el notorio Simón de Monfort, cayó primero sobre los cristianos del sur de Francia. Miles y miles fueron brutalmente asesinados en el distrito de Lenguadoc. Se debe observar que éste no era un ejército de la iglesia saliendo en santo celo contra los paganos, los mahometanos o los negadores de Cristo, sino la iglesia profesante misma contra los verdaderos seguidores de Cristo, contra aquellos que reconocían Su deidad y la autoridad de la Palabra de Dios. Esto era algo nuevo en los anales de la cristiandad; pero la inexpugnable obra de Dios salió a la luz exactamente de la misma manera en que había aparecido mil años antes en la fidelidad de los mártires. En un lugar los ejércitos papistas encontraron un número de cristianos, hombres y mujeres, orando y esperando pacíficamente su fin. Cuando se les presentó la doctrina de Roma como la única alternativa a la muerte, contestaron a una voz: «Nada queremos saber de vuestra fe; hemos renunciado a la iglesia de Roma. En vano os esforzáis, porque ni la muerte ni la vida nos hará renunciar a la verdad que mantenemos.» También es interesante registrar que muchos de los valdenses y albigenses, como se les llamaba, huyeron a otros países, de manera que, por la gracia de Dios, el verdadero evangelio fue predicado en casi todos los rincones de la cristiandad.